機(jī)柜前部的氣簾易碎，并且很容易被與之平行的人員打開，通過打開的窗戶，送風(fēng)裝置或?qū)嶒?yàn)室設(shè)備（例如真空泵，離心機(jī)）產(chǎn)生空氣流動(dòng)。生物安全柜應(yīng)按照加拿大標(biāo)準(zhǔn)協(xié)會(huì)（CSA）生物安全柜（I類和II類）：安裝和現(xiàn)場測試中列出的要求進(jìn)行安裝。它們應(yīng)遠(yuǎn)離高流量區(qū)域，門和供氣/排氣格柵，可能會(huì)中斷氣流模式。機(jī)柜頂部的排氣口與頂部障礙物之間應(yīng)**少保持40 cm的暢通無阻距離。在可能的情況下，應(yīng)在機(jī)柜的每一側(cè)提供30厘米的間隙以便維修。對(duì)于管道式機(jī)柜，排氣系統(tǒng)上的鼓風(fēng)機(jī)應(yīng)位于管道系統(tǒng)的末端; 排氣流失敗應(yīng)向用戶發(fā)出警報(bào)。為防止機(jī)柜受壓，應(yīng)安裝聯(lián)鎖系統(tǒng)，以防止機(jī)柜鼓風(fēng)機(jī)在排氣流量不足時(shí)工作; 可能需要防回流裝置來防止反向氣流通過HEPA過濾器。

生物安全柜的連續(xù)操作有助于控制實(shí)驗(yàn)室中的灰塵水平和其他空氣中的微粒。如果生物安全柜僅在需要時(shí)才運(yùn)行以節(jié)約能源，則必須考慮實(shí)驗(yàn)室空氣的平衡。在某些情況下，室內(nèi)排氣是平衡的，包括通過管道生物安全柜排出的空氣，并且這些機(jī)柜不得關(guān)閉。

不建議向生物安全柜提供天然氣。生物安全柜中的明火會(huì)產(chǎn)生湍流，破壞氣流模式并可能損壞HEPA過濾器。如果不可能使用合適的替代品（例如一次性無菌環(huán)，微型焚化爐），可以使用具有指示燈以根據(jù)需要提供火焰的觸板微燃燒器。